Năm năm sau những sự kiện trong phần phim trước, công chúa Aurora được làm nữ hoàng xứ Moors và Maleficent là người bảo vệ xứ sở này. Vương quốc láng giềng Ulstead, nhà của hoàng tử Phillip, luôn xem Maleficent là kẻ xấu. Diaval, con quạ đen của Maleficent, nhìn thấy Phillip cầu hôn Aurora. Anh về báo tin này cho Maleficent, cô phản đối đám cưới của Aurora, dù Aurora nói rằng sẽ chứng minh Maleficent đã sai.

Vua John và hoàng hậu Ingrith, cha mẹ của Phillip, mời Maleficent đến lâu đài để ăn tối. Ingrith tìm cách chọc giận Maleficent, buộc tội cô đã giết hai người được thấy gần xứ Moors. Maleficent nổi giận và bị nghi ngờ nguyền rủa vua John khi ông đột ngột rơi vào hôn mê sâu. Khi Maleficent bay ra khỏi lâu đài, Gerda - người hầu của Ingrith đã bắn Maleficent bằng viên đạn sắt.

Maleficent rơi xuống biển và được cứu mạng bởi một sinh vật có cánh giống cô. Cô tỉnh lại trong một hang động, nơi mà những người có hình dáng như cô đang lẩn trốn. Trong số họ có Conall, người thủ lĩnh đã cứu Maleficent, và Borra, người luôn muốn giao chiến với con người. Maleficent nằm trong số những Hắc Tiên cuối cùng còn sót lại. Hắc Tiên là loại tiên hùng mạnh buộc phải lẩn trốn và gần như tuyệt chủng bởi sự truy sát của con người. Maleficent cũng là hậu duệ cuối cùng của chim Phượng hoàng, tổ tiên cổ xưa của Hắc Tiên. Vì phép thuật của Maleficent quá cao siêu nên Conall và Borra tin rằng cô sẽ là người kết thúc xung đột giữa Hắc Tiên và con người.

Đám cưới của Phillip và Aurora sắp diễn ra. Aurora vui mừng vì các sinh vật xứ Moors đều được mời đến dự lễ cưới. Aurora phát hiện ra hoàng hậu Ingrith thù ghét các sinh vật xứ Moors, bà đổ tội cho họ đã làm anh trai bà chết. Ingrith âm mưu giết các sinh vật xứ Moors bằng vũ khí sắt và loại bột nguy hiểm. Bà cũng là người đã nguyền rủa vua John rồi vu oan cho Maleficent. Khi các sinh vật xứ Moors đến, họ bị nhốt trong một nhà thờ. Gerda thả loại bột gây chết người ra bằng cách chơi đàn, các sinh vật lần lượt bị giết. Bà tiên Flittle hi sinh thân mình phá hỏng cây đàn, hai bà tiên còn lại là Knotgrass và Thistlewit làm Gerda rơi từ trên cao xuống đất và chết.

Đội quân Hắc Tiên tổ chức một cuộc tấn công vào vương quốc Ulstead nhưng bị các binh lính thảm sát cho đến khi Maleficent, mang sức mạnh của Phượng hoàng, tham gia trận chiến. Ingrith dùng cây nỏ bắn Aurora. Maleficent cứu mạng Aurora nên bị mũi tên đâm trúng và tan thành tro bụi. Khi nước mắt của Aurora rơi xuống đống tro bụi, Maleficent được hồi sinh với hình dạng con chim Phượng hoàng khổng lồ. Ingrith sợ hãi bỏ chạy nhưng bị Borra và các Hắc Tiên khác bắt lại.

Maleficent trở lại với hình dạng bình thường của cô và chúc phúc cho Aurora và Phillip. Phillip tuyên bố hòa bình giữa Hắc Tiên và con người, buộc các binh lính dừng tay lại. Maleficent giúp vua John tỉnh lại, biến Ingrith thành con dê như một sự trừng phạt cho tội ác của bà. Sau khi Aurora và Phillip hoàn tất lễ cưới, Maleficent rời đi cùng các Hắc Tiên khác, họ bay lên trời cao.